EC-CUBEのサイトにて緊急度の高い脆弱性を含めたアップデートが公開されています。
http://www.ec-cube.net/info/weakness/20130522/index.php
ご確認の上、ご対応ください。

今回のアップデートにつきましては、弊社でご提供しているプラグインが問題無く稼働することを確認しておりますが、カスタマイズを実施されている場合など保証いたしかねますので、ご注意の上実施をお願いいたします。